Um problema frequentemente encontrado na engenharia genética é a melhor forma de isolar sequências de ADN de misturas complexas. Existem várias abordagens:
- criar uma biblioteca de ADN. Isto implica a utilização de uma enzima endonuclease de restrição para seccionar o ADN genómico em muitos fragmentos que são depois introduzidos em vectores. Os vectores são então amplificados de forma independente.
- criar uma biblioteca de ADN complementar. O ARN mensageiro de um tecido de interesse é convertido em cADN por uma enzima transcriptase reversa. O cADN é transformado em ADN por uma enzima polimerase antes da clonagem final. Geralmente, o cADN será diferente do ADN de onde provém originalmente, uma vez que foi produzido indiretamente a partir de ARNm sem intrões - foi sujeito a modificações pós-traducionais.
- sintetizar uma sonda de oligonucleótidos. Isto requer o conhecimento da sequência de aminoácidos de todo ou parte do produto proteico em investigação. A sonda é feita a partir de pares de bases que seriam necessários como modelo para a proteína postulada. A sonda marcada radioactivamente é capaz de se ligar à sua sequência complementar de entre uma biblioteca de alternativas.
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