A etiologia da clinodactilia é desconhecida. O mecanismo comum de desvio envolve uma anomalia no crescimento da falange média que inclina o alinhamento de uma superfície articular interfalângica - normalmente a articulação interfalângica distal - relativamente ao eixo do dígito.
Uma etiologia comum é a formação de uma 'falange delta' dentro da falange média. Este fenómeno é também conhecido como epífise longitudinal com suporte ou suporte epifisário longitudinal. Em vez da normal fise transversal, esta fise orientada longitudinalmente estende-se à volta da falange em forma de "C", com a parte aberta virada para o cúbito. A restrição longitudinal no lado não aberto resulta num crescimento sem restrições do lado oposto. O resultado é uma falange média em forma de cunha, com desvio da superfície articular da articulação interfalângica distal.
Ocasionalmente, uma deformidade semelhante é devida a uma banda fibrosa no lado do cúbito do dígito que actua como uma banda externa constritora.
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