Se o carcinoma anal for descoberto suficientemente cedo, a excisão cirúrgica pode ser efectuada sem danificar os músculos do esfíncter anal.
As lesões no interior do canal anal e as lesões mais extensas do ânus podem exigir o sacrifício dos esfíncteres com uma ressecção abdominoperineal do reto e do ânus, seguida de uma colostomia permanente na fossa ilíaca esquerda.
A radioterapia pode ser utilizada no tratamento de carcinomas anais localizados com a preservação da função do esfíncter anal. O tratamento é efectuado através da utilização de agulhas de radiocaesio que são implantadas no tecido tumoral. Pode ser necessária uma colostomia preliminar para afastar o conteúdo do intestino da área de tratamento.
A radioterapia também pode ser utilizada no tratamento paliativo do carcinoma anal.
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