A cisaprida tem uma estrutura semelhante à da metoclopramida. É rapidamente absorvida, atingindo o pico da concentração plasmática em 2 horas e tendo uma semi-vida de 10 horas.
É propensa a um metabolismo hepático de primeira passagem significativo, sendo que menos de metade atinge a circulação sistémica. Por conseguinte, os danos hepáticos podem prolongar a semi-vida do fármaco.
É altamente ligado a proteínas, aparecendo minimamente no leite materno e não atravessando a barreira hemato-encefálica.
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