Os medicamentos anticolinérgicos, como a atropina, e os medicamentos com efeitos anticolinérgicos, como a imipramina e a amitriptilina, antagonizam a ação procinética da cisaprida.
Os fármacos que inibem o metabolismo da cisaprida, como a claritromicina, a eritromicina, o fluconazol, o itraconazol, o cetoconazol e o miconazol, têm sido implicados no prolongamento do intervalo QT. Podem ocorrer arritmias ventriculares com risco de vida.
A cisaprida pode prolongar o tempo de protrombina em doentes a tomar anticoagulantes; a coagulação deve ser verificada regularmente.
Os efeitos sedativos do álcool e das benzodiazepinas podem ser acelerados pela cisaprida.
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