Os fármacos solúveis em lípidos atravessam a barreira hemato-encefálica mais facilmente do que os fármacos solúveis em água. A penetração de fármacos ácidos e básicos depende da solubilidade lipídica das moléculas unidas.
Se um fármaco for altamente polar, não atravessa facilmente a barreira hemato-encefálica. Isto deve-se ao facto de os fármacos altamente polares terem concentrações mais baixas de moléculas unidas. Por exemplo, a anfetamina (base) penetra mais facilmente do que a adrenalina (ácido), uma vez que tem menos grupos polares.
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