Eine echte Eiweißmalabsorption ist sehr selten. Bei bakterieller Überbesiedelung kann es zu einem übermäßigen Eiweißstoffwechsel kommen. Dies kann im Test mit markiertem C-Glycocholat nachgewiesen werden. Eine Proteinverlust-Enteropathie lässt sich durch den Verlust von mit Chrom markiertem Albumin nachweisen.
Es kann ein angeborener Mangel oder ein Fehlen der Transporter für bestimmte Aminosäuren durch die Enterzytenmembran vorliegen. Beispiele hierfür sind die Hartnup-Krankheit und die Zystinurie.
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