El esófago se forma durante la cuarta semana de vida fetal, cuando la fainge primitiva se divide en dos por dos pliegues laterales -los pliegues traqueoesofágicos- que se fusionan en la línea media para formar el tabique traqueoesofágico. Por este proceso, el tubo ventral demarca la eventual tráquea y el tubo dorsal es el esófago primordial.
El endodermo que recubre el esófago prolifera para llenar el lumen. En el embrión tardío, se recanaliza por pérdida de células en el centro del lumen. Esta fase marca la formación del epitelio esofágico definitivo. Una recanalización excesiva puede dar lugar a divertículos.
El esófago es relativamente corto al principio de la vida fetal, pero crece desproporcionadamente más tarde. Un crecimiento insuficiente puede favorecer la herniación del estómago hacia la cavidad torácica.
A medida que el estómago gira hacia la izquierda durante el desarrollo, arrastra al esófago. En consecuencia, el nervio vago izquierdo pasa a situarse en posición anterior y el derecho en posición posterior sobre el esófago inferior.
La posición anómala del tabique traqueoesofágico puede provocar una fístula traqueoesofágica.
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