La enfermedad celíaca se caracteriza por alteraciones morfológicas de la mucosa del intestino delgado. Estas alteraciones son más graves a nivel proximal y se van atenuando progresivamente a nivel distal.
La lesión primaria de la mucosa es la atrofia vellositaria parcial o subtotal con hiperplasia compensatoria de las criptas. La atrofia se debe a la destrucción prematura de los enterocitos. Al principio, las vellosidades son sustituidas por crestas cortas (atrofia vellositaria parcial); más tarde, la mucosa se vuelve completamente plana (atrofia vellositaria subtotal). El daño de los enterocitos puede preceder a cualquier cambio en la arquitectura de las vellosidades. Las criptas (de Lieberkuhn) son alargadas y muestran una marcada actividad mitótica.
Otras características notables son:
Un cuadro histológico comparable se observa en:
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