La enfermedad de Hirschsprung suele manifestarse en el periodo neonatal inmediato por un fallo en el paso del meconio seguido de estreñimiento obstructivo con distensión abdominal y vómitos. El 98% de los lactantes normales expulsan meconio en las primeras 24 horas de vida, frente a sólo el 6% de los que padecen aganglionosis.
Los síntomas se alivian con el tacto rectal, que suele producir grandes cantidades de gas y heces.
En algunos casos, cuando sólo está afectado un pequeño segmento del recto, la acumulación de presión puede permitir la evacuación ocasional de heces, incluso episodios intermitentes de diarrea.
En los casos no reconocidos de enfermedad de Hirschsprung -generalmente en niños mayores- se produce putrefacción con heces líquidas malolientes y, en ocasiones, esto se asocia a una diarrea grave debida a colitis.
Si la enfermedad es leve, los síntomas pueden consistir en estreñimiento crónico y grave, con distensión abdominal macroscópica que puede pasar desapercibida hasta la infancia. El retraso del crecimiento es frecuente en este grupo. Sin embargo, es poco probable que el estreñimiento se haya desarrollado después del primer mes de vida, y una anamnesis cuidadosa suele revelarlo.
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