Las ciclosporas humanas son redondas u ovoides (7-9 micrómetros). La microscopía óptica revela esferas refráctiles similares a una mórula que contienen grupos de glóbulos refráctiles encerrados en una membrana. La tinción acidorresistente muestra organismos acidorresistentes de color rojo oscuro variable y esferas transparentes sin tinción. La microscopía de epifluorescencia ultravioleta hace que los organismos se autofluorescan (azul). Este organismo puede confundirse con cryptosporidium.
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