Las siguientes enfermedades autoinmunes han sido tratadas con interferones. Las indicaciones que cuentan con la aprobación de la FDA (a fecha de enero de 1996) están marcadas con un asterisco:
- enfermedad granulomatosa crónica *
- esclerosis múltiple *
- lupus eritematoso discoide
- enfermedad de Behcet
- dermatitis atópica
- rinitis alérgica
- síndrome de hiper IgE
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