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La verdadera malabsorción de proteínas es muy rara. Puede haber un metabolismo excesivo de proteínas en la dieta en caso de sobrecrecimiento bacteriano. Esto puede identificarse en la prueba del C-glicocolato marcado. Una enteropatía con pérdida de proteínas puede identificarse por la pérdida de albúmina marcada con cromo.
Puede haber una deficiencia congénita o ausencia de transportadores de ciertos aminoácidos a través de la membrana del enterocito. Algunos ejemplos son la enfermedad de Hartnup y la cistinuria.
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