Entre las causas diferenciales obvias se incluyen causas de muerte como sepsis abrumadora y malformación congénita no detectada.
El diagnóstico diferencial incluye:
- Errores congénitos del metabolismo, en particular la deficiencia de acil-CoA deshidrogenasa de cadena media, que se considera responsable de hasta el 5% de las muertes súbitas infantiles en algunas poblaciones.
- infanticidio, ya sea por negligencia, maltrato físico o síndrome de Munchausen por poderes
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