Une présentation similaire à la diarrhée du jeune enfant est observée chez les enfants ayant subi une restriction alimentaire, en particulier sous la forme d'un régime pauvre en graisses. La diarrhée cesse lorsqu'un apport normal en graisses est réintroduit, soit environ 4g/kg/jour.
Les autres diagnostics différentiels sont les suivants
- diarrhée infectieuse chronique - une analyse des selles doit être effectuée pour exclure cette possibilité, en particulier pour rechercher des ovules, des kystes et des parasites
- la maladie cœliaque - bien qu'elle doive être à l'origine d'un retard de croissance
- le syndrome de la boucle aveugle
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