Les glandes salivaires et lacrymales sont infiltrées de lymphocytes et les acini sont progressivement détruits. La majorité des lymphocytes sont des cellules T, avec une prédominance de cellules T helper (CD4).
L'épithélium des canaux devient hyperplasique, formant des amas dans la lumière et obstruant les petits canaux. La métaplasie des glandes muqueuses de l'épithélium des canaux peut donner lieu à une salive gélatineuse chez certains patients. Les sténoses, les dilatations des canaux et les infections ascendantes compliquent le tableau.
Hyperactivité des cellules B - les auto-anticorps circulants sont caractéristiques du syndrome de Sjögren. Les anticorps sont dirigés contre des antigènes non spécifiques d'organes tels que les immunoglobulines (facteurs rhumatoïdes) et les petites ribonucléoprotéines cytoplasmiques (anti-Ro et anti-La). Ces auto-anticorps ne semblent pas avoir de rôle pathogène.
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