La diarrhée aiguë de la salmonellose touche souvent à la fois l'intestin grêle et le gros intestin, ce qui lui vaut le nom d'entérocolite. La maladie peut être bénigne ou, dans certains cas, entraîner une déshydratation rapide potentiellement mortelle.
La période d'incubation est de 12 à 48 heures (maximum 6 à 72 heures), après quoi le patient commence à avoir des nausées et des vomissements, souvent accompagnés de malaises, de maux de tête et de fièvre. Des crampes abdominales et une diarrhée aqueuse apparaissent ensuite, et les pertes de liquide peuvent être importantes. Au fur et à mesure que la maladie évolue, passant d'une maladie entérique à une maladie colique, la diarrhée peut contenir de moins en moins de liquide et de plus en plus de sang et de mucus. L'abdomen peut être très sensible tout au long de la maladie.
La diarrhée disparaît généralement en trois jours, mais peut persister pendant trois semaines. Des symptômes d'irritabilité intestinale post-infectieuse peuvent également apparaître.
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