Le stimulus moléculaire de la réinitialisation du point de consigne hypothalamique pour la température a été partiellement élucidé pour certains états infectieux et inflammatoires.
Les protéines bactériennes, en particulier les lipopolysaccharides, lors de la phagocytose par les cellules du système phagocytaire mononucléaire, provoquent la libération d'une molécule pyrogène endogène par le phagocyte, l'interleukine-1. Par ailleurs, les cellules inflammatoires peuvent libérer de l'interleukine-1 et de l'interleukine-6 en réponse à une inflammation généralisée.
Ces cytokines sont transmises par voie hématogène à la zone préoptique de l'hypothalamus. À cet endroit, on pense qu'il existe une molécule intermédiaire qui est stimulée par la cytokine pour provoquer la pyrexie. On pensait qu'il s'agissait d'une prostaglandine due à l'action de l'aspirine dans la réduction de la fièvre ; les preuves sont équivoques.
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