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Les cyclospores humaines sont rondes ou ovoïdes (7-9 micromètres). La microscopie optique révèle des sphères réfractiles de type morula (mûre) contenant des amas de globules réfractiles enfermés dans une membrane. La coloration acido-alcoolique révèle la présence d'organismes acido-alcooliques rouge foncé et de sphères transparentes non colorées. En microscopie à épifluorescence ultraviolette, les organismes s'autofluorescent (en bleu). Cet organisme peut être confondu avec le cryptosporidium.
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