Les effets secondaires sont les suivants
- glossite
- éruptions cutanées
- érythème polymorphe - y compris syndrome de Stevens-Johnson
- nécrolyse épidermique
- nausées et vomissements
- effets hématologiques dus au triméthoprime ;
- éosinophilie
- agranulocytose
- granulocytopénie
- anémie mégaloblastique
- purpura
- leucopénie
Le risque de développer un érythème polymorphe, un syndrome de Stevens-Johnson et une nécrolyse épidermique toxique était de 1,7/100 000 utilisateurs de cotrimoxazole (IC 95 % 0,7, 4,4) et de 0,8/100 000 utilisateurs de triméthoprime (IC 95 % 0,2, 2,7).
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