Les maladies auto-immunes suivantes ont été traitées avec des interférons. Les indications qui ont été approuvées par la FDA (en janvier 1996) sont marquées d'un astérisque :
- maladie granulomateuse chronique *
- sclérose en plaques *
- lupus érythémateux discoïde
- maladie de Behçet
- dermatite atopique
- rhinite allergique
- syndrome d'hyper IgE
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