La citrate synthase catalyse une réaction non équilibrée, génératrice de flux.
Elle est stimulée par l'oxaloacétate. Ceci est important pendant l'exercice car l'enzyme pyruvate carboxylase produit beaucoup plus d'oxaloacétate.
Elle est inhibée par le citrate. L'exercice physique entraîne une activation proportionnelle plus importante des enzymes isocitrate déshydrogénase et oxoglutarate déshydrogénase. Il y a donc une réduction relative de la quantité de citrate et une désinhibition relative de la citrate synthase.
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