La méningite doit être distinguée d'autres affections pouvant se manifester par des maux de tête, des vomissements et une raideur de la nuque :
- l'hémorragie sous-arachnoïdienne
- la migraine
Lorsqu'un organisme ne peut être identifié par coloration ou lorsque le LCR contient une image mixte de cellules mononucléaires et de polymorphes, ou de cellules mononucléaires seules, les conditions suivantes peuvent être envisagées :
- méningite partiellement traitée
- méningite virale
- méningite tuberculeuse
- méningite néoplasique
- méningite syphilitique
- méningite fongique
- abcès intracrânien
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