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Comme son nom l'indique, la plupart des cas sont idiopathiques, c'est-à-dire qu'ils surviennent chez des personnes auparavant en bonne santé sans cause identifiable. Elle a toutefois été décrite après la guérison d'une pneumonie virale ou à mycoplasme et a été signalée en association avec d'autres maladies.
L'apparition d'une pneumonie organisatrice cryptogénique a été signalée dans le cadre de troubles du tissu conjonctif tels que la polyarthrite rhumatoïde, la polymyosite et le syndrome de Sjögren. Des cas ont également été signalés après l'administration de certains médicaments et après des transplantations de moelle osseuse et de poumons. Parmi les nombreux troubles associés, on peut citer l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine, la radiothérapie, la thyroïdite et la cirrhose alcoolique.
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