Um microscópio de polarização baseia-se nos princípios de que a luz tem um movimento ondulatório regular e de que o ciclo de dois raios pode ser deslocado - rodado ou colocado fora de fase - um em relação ao outro.
Um microscópio de luz normal é adaptado com dois filtros de polarização em sequência antes e depois da fase da amostra no percurso da luz. Assim, a luz polarizada em fase passa através da amostra. Se houver alguma regularidade na ordem das moléculas em torno do comprimento de onda da luz, isso coloca o feixe incidente fora de fase em relação à luz que não passa pela mesma estrutura. A propriedade das estruturas de alterar a fase da luz polarizada é denominada birrefringência. Ocorre em várias estruturas cristalinas e em certas fibras.
O filtro polarizador mais próximo da lente objetiva e do olho é rodado para revelar a direção da birrefringência. As moléculas birrefringentes parecem relativamente claras ou escuras em comparação com o seu meio envolvente.
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