O hipotálamo desempenha um papel importante no controlo de uma série de sistemas endócrinos.
Actua sobre a hipófise de duas formas principais:
- através da secreção de hormonas ou pró-hormonas, que são transportadas para a hipófise posterior
- pela secreção de hormonas de controlo na circulação portal hipofisária - um fluxo sanguíneo que vai do hipotálamo à hipófise. A maioria destes sistemas funciona com feedback negativo; excepções notáveis incluem a hormona libertadora da hormona do crescimento e a necessidade invulgar de libertação pulsada da hormona libertadora da gonadotrofina.
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