O diagnóstico da doença aguda é feito através da deteção dos parasitas. As formas circulantes activas do T. cruzi podem ser frequentemente observadas no exame microscópico do sangue anticoagulado ou da camada leitosa, ou em esfregaços corados. Em doentes imunodeprimidos, os parasitas podem ser encontrados na medula óssea, no líquido cefalorraquidiano e no líquido pericárdico.
A doença crónica é detectada por anticorpos específicos contra antigénios do parasita. No momento em que este artigo foi escrito, apenas um teste de anticorpos foi aceite pela Food and Drug Administration (Chaga's IgG ELISA, Gull Laboratories, Salt Lake City). Existem também testes serológicos por fixação de complemento e imunofluorescência indireta disponíveis nos Centros de Controlo de Doenças.
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