Apesar da crença popular de que o prognóstico é sombrio, a maioria das pessoas - especialmente as crianças - tratadas tem um bom resultado. O prognóstico é melhorado pelo tratamento precoce, embora o tratamento adequado da doença tardia também deva ser bom. O mau prognóstico anterior baseou-se provavelmente no diagnóstico incorreto da doença de Lyme em primeira instância.
Um pequeno subgrupo de doentes com predisposição para a doença artrítica tende a sofrer de recorrência da artrite.
Um subgrupo muito pequeno de adultos foi registado como tendo desenvolvido neuroborreliose tardia.
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