A colonoscopia exige uma consistência fluida das fezes no momento do exame, o que é conseguido através da administração de Picolax, um preparado intestinal, 24 horas antes da colonoscopia. O doente é medicado com analgésico e sedativo por via intravenosa, sendo depois colocado na posição lateral esquerda com os joelhos para cima. Após o exame rectal, é introduzido o colonoscópio.
O colonoscópio avança ao longo do lúmen intestinal com precaução; se necessário, para facilitar a visualização, pode ser utilizada uma insuflação intermitente para distender o trajeto a seguir.
Uma vez atravessada a incómoda região sigmoide, a passagem é fácil ao longo do cólon descendente até à flexura esplénica. O cólon transverso tem uma forma triangular. O ceco, como esperado, aparece como um "final cego" com pregas mucosas proeminentes. Uma vez atingido este ponto, o colonoscópio é retirado para a área de interesse, para que possam ser efectuados procedimentos de investigação ou terapêuticos.
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