As causas possíveis incluem lesões hipóxicas do intestino delgado que podem estar associadas a cateterização umbilical, períodos de apneia e septicemia. Outros factores incluem a hipovolémia, a sobrecarga de fluidos, a transfusão de troca, a persistência do canal arterial - e o tratamento com indometacina - e a alimentação hiperosmolar.
O organismo infecioso não é específico, mas os anaeróbios do intestino podem contribuir para isso.
Os surtos parecem ocorrer nas unidades, onde vários recém-nascidos são afectados num curto espaço de tempo, o que apoia uma etiologia infecciosa.
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