O prognóstico do linfoma do intestino delgado depende do estádio da doença. Como seria de esperar, as lesões maiores com disseminação adjacente e perfuração têm um pior prognóstico. A taxa de sobrevivência global a 5 anos é de cerca de 40%.
Os linfomas da doença celíaca e do tipo mediterrânico têm um pior prognóstico.
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