Os parceiros masculinos podem ser colonizados com Gardnerella vaginalis e alguns organismos que causam vaginose também foram encontrados no reto, o que sugere que este pode constituir um reservatório para a infeção vaginal.
A alteração inicial na patogénese é provavelmente um aumento do pH vaginal de pH 4,0 para pH 5,5. Isto deve-se provavelmente à produção de aminas por Gardnerella e Prevotella.
Não se sabe ao certo porque é que apenas algumas mulheres são susceptíveis.
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