O tratamento com antimetabolitos pode causar uma vasta gama de efeitos secundários tóxicos. Alguns, como a mielossupressão, estão relacionados com a dose do medicamento e a duração do tratamento. A maioria dos antimetabolitos não é administrada diariamente. As excepções são a mercaptopurina e o seu precursor, a azatioprina.
Algumas considerações farmacológicas importantes devem ser consideradas ao administrar antimetabólitos.
Por exemplo, uma lesão renal pré-existente ou a presença de efusões malignas podem aumentar a toxicidade do metotrexato. Além disso, a utilização de fármacos não esteróides e anti-inflamatórios pode atrasar a excreção do metotrexato, aumentando assim os seus efeitos tóxicos.
Por exemplo, o tratamento com alopurinol potencia muito a ação da azatioprina e da mercaptopurina ao bloquear o catabolismo destes fármacos.
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