Após a ingestão de S. typhi ou S. paratyphi, as salmonelas aderem e penetram na mucosa intestinal. Assim, ganham acesso às glândulas mesentéricas e à corrente sanguínea, causando uma bacteriemia primária. As salmonelas são depois absorvidas pelos tecidos reticulo-endoteliais, como o fígado, o baço e a medula óssea, onde se multiplicam durante 7 a 21 dias.
Após este período inicial de incubação, segue-se uma bacteriemia secundária em que um grande número de salmonelas é libertado para a corrente sanguínea. Esta fase corresponde ao início dos sintomas.
Durante esta fase sintomática, os rins são afectados, tal como a vesícula biliar, provavelmente devido à disseminação direta de salmonelas a partir do fígado. As placas de Peyer afectadas podem também ulcerar mais tarde, podendo causar hemorragia ou perfuração. Verifica-se também uma febre prolongada que resulta provavelmente de uma combinação dos efeitos da endotoxina e dos pirogénios libertados.
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