Apesar das melhorias consideráveis no tratamento do abcesso cerebral, esta doença continua a ter uma mortalidade elevada - 20-30%. As taxas de mortalidade mais elevadas são as secundárias ao abcesso broncogénico - 70% - e ao traumatismo craniano - 10-20%.
O prognóstico depende muito da rapidez e da adequação do tratamento: se for iniciado antes do início do coma, a mortalidade é reduzida de 50% para 10%.
A longo prazo, o abcesso cerebral tem uma morbilidade considerável, com uma deficiência neurológica em 50% dos casos. Os problemas mais comuns são a hemiparesia, a disfasia e a perturbação do campo visual. As convulsões afectam pelo menos 30% dos sobreviventes de abcessos cerebrais e faz algum sentido a administração de antiepilépticos profiláticos, por exemplo, a fenitoína.
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