O componente motor do nervo craniano IX começa na parte rostral do núcleo ambíguo na formação reticular da medula. O núcleo recebe informações do córtex.
O nervo glossofaríngeo passa do núcleo através do forame jugular para descer com o nervo vago lateralmente à parede da faringe. O nervo passa entre os constritores superior e médio para irrigar o músculo estilofaríngeo e também os constritores superiores.
Uma disfunção da inervação no componente motor do nervo glossofaríngeo resulta num controlo anormal do palato e da faringe e, consequentemente, em disfagia.
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