Mancha do sul

Os segmentos de ADN podem ser identificados pela diferença entre pares de bases num par de cromossomas. Estas diferenças podem ser tão mínimas como um par de bases em quinhentos, mas são suficientes para fornecer a uma enzima de restrição um local alterado para a clivagem do ADN. Consequentemente, após a digestão, são produzidos novos fragmentos de ADN de composição diferente.

Os fragmentos são separados com base no peso molecular por eletroforese em gel de agarose. O ADN é então desnaturado para dar origem a moléculas de cadeia simples. Estas são transferidas para papel de nitrocelulose, que se liga ao ADN. A posição das moléculas de ADN de cadeia simples no papel de blotting coincide exatamente com a sua posição original no gel. De seguida, é utilizada uma sonda genética totalmente caracterizada para se ligar a regiões complementares de interesse. O padrão que a sonda assume, tal como revelado por técnicas de contraste, por exemplo, a autorradiografia, indica o segmento de ADN em que se encontra o gene de interesse. Quando a sonda é constituída por ADN complementar ao ADN desnaturado, todo o processo é designado por Southern blotting. Existem também técnicas para a utilização de sondas de ARN - Northern blotting - e de proteínas - Western blotting.

A presença de fragmentos distintos pode ser usada em conjunto com uma árvore genealógica para estabelecer qual a parte de um cromossoma que transporta um gene delituoso. O fragmento de ADN está a ser utilizado como marcador de genes na sua localidade que se manifestaram no genótipo de uma família.