Três mecanismos patogénicos gerais podem resultar em SCID:
- Defeitos nas células estaminais das células T e/ou B - os mais comuns. O timo é bloqueado no início do desenvolvimento, o que faz com que o tecido linfoide esteja praticamente ausente dos gânglios linfáticos, baço, amígdalas e apêndice. As infecções oportunistas ocorrem rapidamente, levando frequentemente à morte.
- O epitélio tímico pode ser incapaz de induzir a maturação e o desenvolvimento normais das células T.
- A função defeituosa das células B ocorre secundariamente a uma ajuda defeituosa das células T ou a uma supressão aberrante das células T
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