A E.coli é responsável por 80% dos casos - a maioria deve-se a um subconjunto específico de E.coli (estirpes uropatogénicas). Estas estirpes possuem determinantes específicos de virulência que lhes permitem infetar o trato urinário superior de indivíduos normais e saudáveis.
- As E.coli uropatogénicas pertencem a um pequeno número de grupos de serotipos O:K:H. Normalmente produzem hemolisina e aerobactina. Normalmente também têm pili específicos associados à pielonefrite que medeiam a ligação às células uroepiteliais.
- outros organismos estão normalmente associados a anomalias estruturais, por exemplo, proteus, estafilococos, estreptococos, klebsiella, pseudomonas
- a tuberculose causa classicamente uma pirúria "estéril".
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