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Klinisch gesehen tritt blutiger Durchfall bei fast allen Patienten mit Colitis ulcerosa auf, aber nur bei der Hälfte der Patienten mit Morbus Crohn. Eine abdominale Masse ist bei Morbus Crohn häufig, bei UC jedoch selten; eine perianale Erkrankung ist bei Morbus Crohn häufig, bei UC jedoch selten. Bei UC wird das Rektum nie geschont.
Histologisch ist UC eine Schleimhauterkrankung mit verzerrten Drüsen und ohne Granulomata; Crohn ist transmural mit normalen Drüsen und Granulomata.
Radiologisch ist UC eine symmetrische, kontinuierliche Erkrankung mit flachen Geschwüren, aber sehr selten Strikturen und nie Fisteln. Beim Morbus Crohn handelt es sich um eine diskontinuierliche Erkrankung mit tiefen Geschwüren und häufigen Strikturen und Fisteln.
Dennoch wird bei 15-20 % der Patienten keine eindeutige Diagnose gestellt.
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