Das Markenzeichen der Zöliakie sind morphologische Veränderungen der Dünndarmschleimhaut. Diese sind proximal am stärksten ausgeprägt und werden nach distal hin immer weniger ausgeprägt.
Die primäre Mukosaläsion ist eine partielle oder subtotale Zottenatrophie mit kompensatorischer Kryptenhyperplasie. Die Atrophie ist auf eine vorzeitige Zerstörung der Enterozyten zurückzuführen. Zunächst werden die Zotten durch kurze Erhebungen ersetzt - partielle Zottenatrophie; später wird die Schleimhaut völlig flach - subtotale Zottenatrophie. Die Schädigung der Enterozyten kann einer Veränderung der Zottenarchitektur vorausgehen. Die Krypten (von Lieberkuhn) sind länglich und zeigen eine ausgeprägte mitotische Aktivität.
Weitere bemerkenswerte Merkmale sind:
Ein vergleichbares histologisches Bild zeigt sich bei:
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