En la mayoría de los casos, la causa es desconocida.
En el resto, el colangiocarcinoma puede estar asociado a:
- colangitis esclerosante primaria, a menudo con colitis ulcerosa
- enfermedad fibropoliquística congénita:
- enfermedad de Caroli
- fibrosis hepática congénita
- quiste coledociano
- hígado poliquístico
- cirrosis biliar por atresia biliar
- infección crónica por Clonorchis sinensis, especialmente en Extremo Oriente
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