Puede observarse un cuadro clínico similar en las siguientes circunstancias:
- infección por campylobacter
- shigelosis
- intoxicación alimentaria de tipo tóxico:
- Staphylococcus aureus
- Clostridium perfringens
- Bacillus cereus (sin embargo, la intoxicación alimentaria mediada por toxinas suele aparecer en menos de 6 horas)
- enfermedad inflamatoria intestinal:
- puede ser difícil distinguir una colitis aguda primaria por Salmonella de un episodio de enfermedad inflamatoria intestinal
- se sugiere enfermedad inflamatoria intestinal si la diarrea sanguinolenta persiste más de 2 semanas a pesar de un tratamiento antibiótico adecuado
- una biopsia rectal con histología puede ser útil
- también puede ser apropiado probar con esteroides
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