Les maladies liées au chromosome 6 comprennent :
- l'hémochromatose
- l'ataxie spinocérébelleuse de type 1
Le chromosome 6 porte le locus HLA qui est lié à certaines maladies auto-immunes, dont la sclérose en plaques :
- la sclérose en plaques
- la polyarthrite rhumatoïde
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