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Sur le plan clinique, une diarrhée sanglante est observée chez presque tous les patients atteints de colite ulcéreuse, mais seulement chez la moitié de ceux atteints de la maladie de Crohn. Une masse abdominale est fréquente dans la maladie de Crohn, mais rare dans la RCH ; la maladie périanale est fréquente dans la maladie de Crohn, mais rare dans la RCH. La RCH n'épargne jamais le rectum.
Histologiquement, la RCH est une maladie muqueuse avec des glandes déformées et aucun granulome ; la maladie de Crohn est transmurale avec des glandes normales et des granulomes.
Radiologiquement, la RCH est une maladie symétrique et continue provoquant des ulcères peu profonds mais très rarement des sténoses et jamais de fistules. La maladie de Crohn est discontinue, avec des ulcères profonds et souvent des sténoses et des fistules.
Cela dit, un diagnostic ferme n'est pas posé chez 15 à 20 % des patients.
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