Dans la majorité des cas, la cause est inconnue.
Dans les autres cas, le cholangiocarcinome peut être associé à.. :
- une cholangite sclérosante primitive, souvent accompagnée d'une colite ulcéreuse
- maladie fibropolykystique congénitale :
- maladie de Caroli
- fibrose hépatique congénitale
- kyste cholédocien
- foie polykystique
- cirrhose biliaire due à une atrésie des voies biliaires
- infection chronique par Clonorchis sinensis - surtout en Extrême-Orient
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