La dégradation des protéines est dépendante de l'énergie et se produit dans deux conditions :
- physiologiquement :
- comme moyen de détruire les protéines qui se sont formées anormalement
- comme moyen de réduire les concentrations enzymatiques et de modifier ainsi le flux dans les voies métaboliques
- à l'intérieur des cellules soumises aux enzymes digestives
- pathologiquement, par exemple en cas d'inanition prolongée.
À l'intérieur des cellules, la dégradation des protéines peut se produire
- dans les lysosomes :
- en particulier dans le foie
- contiennent des protéinases abondantes
- dans les réticulocytes : contiennent des protéases cyosoliques
- dans les muscles :
- peptidases activées par le calcium
- dégradent les protéines myofibrillaires
Les acides aminés ainsi produits sont alors disponibles pour les voies normales du métabolisme des acides aminés.
Le contrôle général de la dégradation des protéines est peu connu, mais la régulation du muscle squelettique est mieux caractérisée :
- les hormones anabolisantes telles que l'insuline diminuent la dégradation des protéines
- les glucocorticoïdes et la thyroxine ont l'effet inverse
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