La bile passe dans les canalicules biliaires depuis le centre du lobule jusqu'à la périphérie. Elle pénètre ensuite dans les ductules biliaires qui convergent pour former des canaux de plus en plus larges. Les canaux du côté droit du foie convergent vers le canal hépatique droit ; les canaux du côté gauche convergent vers le canal hépatique gauche.
Les canaux hépatiques droit et gauche convergent vers le canal hépatique commun. L'arbre biliaire se divise ensuite en deux parties : le canal cystique, qui mène à la vésicule biliaire, et le canal biliaire commun, qui se dirige vers le duodénum.
Au fur et à mesure que la bile est transportée le long de cet itinéraire, sa composition est modifiée. La sécrétion et la réabsorption peuvent toutes deux se produire ; le liquide sécrété tend à contenir des quantités relativement concentrées de sodium et de bicarbonate. La sécrétion est stimulée par les hormones CCK, sécrétine et gastrine.
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