La conjonctivite est généralement d'origine bactérienne, mais il n'est pas rare qu'elle fasse partie de nombreuses infections non bactériennes telles que la rougeole, la rubéole, la leptospriose, la maladie de Reiter et la tularémie.
Une conjonctivite persistante suggère une étiologie virale ou allergique.
Une conjonctivite aiguë purulente peut être une séquelle rare d'un agent infectieux puissant comme le gonocoque.
La conjonctivite à chlamydia - comme le trachome - est une cause fréquente de cécité dans les pays tropicaux et subtropicaux.
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