Les causes du micropénis sont les suivantes
- idiopathiques
- causes hypothalamiques, y compris le syndrome de Kallman ou le syndrome de Prader-Willi
- les causes hypopituitaires, y compris le déficit en hormone de croissance ou en gonadotrophine
- les causes gonadiques, y compris le syndrome de Down et le syndrome de Noonan
- les causes liées aux organes terminaux, telles que l'insensibilité aux androgènes.
Il convient de noter qu'il peut y avoir un micropénis apparent en cas d'obésité.
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